Mediante la Certificación se verifica que los productos han sido obtenidos de la Agricultura y Ganadería Ecológica, tratándose pues de alimentos saludables, que han sido sometidos a un sistema de control durante todo el proceso de producción y elaboración, asegurándose de esta forma su trazabilidad. El reglamento 2092/91 obliga a que aparezca en la etiqueta el nombre o el número de código de la autoridad u organismo de control. En Andalucía el código está compuesto de los siguientes dígitos: ES-AN-00-AE, indicando respectivamente, España, Andalucía, número del Organismo de Control autorizado y Agricultura Ecológica.

Todos aquellos productos envasados que hayan sido producidos según las normas de la producción ecológica, deben indicar en la etiqueta que se trata de un producto ecológico y mencionar el organismo que lo ha controlado, de forma que llevarán escrito en su etiqueta "producto ecológico", "de producción ecológica", “procedente de cultivo ecológico” o alguna frase similar; así mismo suelen llevar alguno de los sellos certificadores. Los productos frescos se distribuyen acompañados de un "Certificado de Conformidad" que es el documento que acredita que se han producido según la mencionada reglamentación. Dicho certificado lo emite el organismo con el que esté trabajando el/la productor/a.

Existe un sello a nivel europeo que permite reconocer los productos ecológicos de cualquiera de los países miembros de la Unión Europea. La aplicación de este logotipo europeo, así como los logotipos de los Organismos de Control en los productos ecológicos, es voluntaria (facultativo).